Covid-19 : le séquençage, cet indispensable outil pour traquer le virus

Covid-19 : le séquençage, cet indispensable outil pour traquer le virus.

Paris (AFP) - Pour surveiller les modifications du coronavirus susceptibles d'aggraver la pandémie ou de rendre les vaccins moins efficaces, les scientifiques doivent séquencer son génome. Mais peu de pays effectuent et partagent cette surveillance laborieuse, complexe et nécessaire.

Les experts s'inquiètent donc autant des mutations à risque qui passent sous les radars que de celles qu'ils peuvent repérer.

La publication de la première séquence génomique du SRAS-CoV-2 en janvier 2020, au tout début de la pandémie, a permis de l'identifier comme un nouveau coronavirus et commencer à développer des tests de diagnostic et des vaccins.

Depuis, des dizaines de milliers de séquences ont été téléchargées sur des bases de données publiques, permettant de suivre les mutations avec une précision et une vitesse jamais atteintes auparavant.

La part du lion de ces informations provient d'un seul pays : la Grande-Bretagne.

Mi-janvier, GISAID -- une importante plateforme de partage de données créée à l'origine pour surveiller la grippe -- avait reçu 379.000 séquences. Parmi celles-ci, 166.000 provenaient de Covid-19 Genomics UK (COG-UK), un partenariat entre autorités sanitaires et établissements universitaires.

Actuellement, le programme séquence 10.000 génomes par semaine (environ 6% des cas connus en Grande-Bretagne) et l'objectif est de doubler ce chiffre.

- Le séquençage, une priorité -

Le séquençage a identifié des variants préoccupants en Grande-Bretagne, en Afrique du Sud et au Brésil.

Le nouveau variant à propagation rapide au Royaume-Uni est "comme une mini-pandémie au sein de la pandémie", dit le Dr Harrison, directeur de la stratégie et de la transformation au COG-UK. Sans surveillance systématique, les scientifiques n'auraient peut-être pas encore compris qu'il "change la donne".

L'alerte précoce n'a pas empêché sa propagation -- des dizaines de pays l'ont détecté -- mais elle a permis à d'autres de se préparer. Sans l'avertissement des scientifiques britanniques, le monde naviguerait à l'aveuglette, renchérit Emma Hodcroft, épidémiologiste à l'Université de Berne et co-développeuse du projet international de suivi du virus, Nextstrain.

Pour l'Organisation mondiale de la santé (OMS), une meilleure capacité de séquençage est une priorité.

Maria Van Kerkhove, responsable technique Covid-19 de l'OMS, a récemment qualifié d'"incroyable" le nombre de séquences partagées jusqu'à présent, mais déploré qu'elles ne proviennent que d'une poignée de pays.

Selon l'OMS, une "révolution" dans l'investigation génomique des virus a contribué à une meilleure compréhension de plusieurs maladies, d'Ebola à la grippe. "Pour la première fois, le séquençage génomique peut aider à guider la réponse de santé publique à une pandémie en temps quasi réel".

Lorsqu'un autre coronavirus, le SRAS, a commencé à se propager en 2002, seules trois variantes du génome ont été partagées publiquement pendant le premier mois et 31 au troisième mois.

Cette fois, six génomes étaient à la disposition des chercheurs du monde entier quelques semaines après l'apparition du virus. En six mois, 60.000 étaient publiés.

Au départ, le nouveau coronavirus n'a pas montré beaucoup de diversité génétique, indique Emma Hodcroft, même s'il "a explosé à travers l'Europe". "Nous avons pu voir qu'il semblait vraiment provenir de Chine, car toutes les séquences détectées dans le monde se retrouvaient dans les diverses séquences chinoises", précise-t-elle à l'AFP.

A l'été 2020, de nouvelles souches sont apparues, remplaçant les versions précédentes du virus. Les mutations font partie de l'évolution virale et se produisent lorsque le virus se réplique. Il s'agit "essentiellement de faute de frappe", explique la Dr. Hodcroft.

La plupart des nouvelles souches ne confèrent aucun avantage au virus, certaines lui sont même défavorables. Mais parfois, une mutation augmente le caractère infectieux ou provoque une maladie plus grave.

Une technicien travaille sur le séquençage du génome du Sars-CoV-2 et de ses variants, le 21 janvier 2021 à l'Institut Pasteur, à Paris © AFP Christophe ARCHAMBAULT